ในปี 2441 รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯ ให้ขยายการศึกษาขั้นพื้นฐานไปทั่วราชอาณาจักรโดยออก “ประกาศจัดการเล่าเรียนในหัวเมือง” เมื่อวันที่ 11 พฤศจิกายน พ.ศ. 2441 ใจความตอนหนึ่งมีว่า “ความเจริญของคนทั้งหลายย่อมเกิดแต่ความประพฤติชอบ และการเลี้ยงชีวิตโดยชอบเป็นที่ตั้งครั้นทั้งหลายจะประพฤติชอบ แลจะหาเลี้ยงชีวิตโดยชอบนั้นเล่า ก็ย่อมอาศัยการได้ศึกษาวิชา ความรู้ ในทางที่จะให้บังเกิดประโยชน์มาแต่ย่อมเยาว์ และฝึกซ้อมสันดานให้น้อยในทางสัมมาปฏิบัติและเจริญปัญญา สามารถในกิจการต่างๆ อันเป็นเครื่องประกอบการหาเลี้ยงชีพ เมื่อเติบใหญ่ จึงเชื่อว่าได้เข้าสู่ ทางความเจริญ บัดนี้การฝึกสอนในกรุงเทพฯเจริญแพร่หลายมากขึ้นแล้ว สมควรจะจัดการฝึกสอนให้หัวเมืองได้เจริญขึ้นตามกัน” ทรงอาราธนากรมหมื่นวชิรญาณวโรรสเป็นผู้อำนวยการจัดการขยายฐานการศึกษา ในหัวเมืองทั่วราชอาณาจักร ทั้งนี้เพราะวัดเป็นแหล่งให้การศึกษามาแต่โบราณ และเป็นหนทางเดียวขณะนั้นที่จะขยายได้เร็วและทั่วถึง เพราะวัดมีอยู่ทั่วทุกหนแห่ง ทั้งจะช่วยประหยัดงบประมาณในการสร้างโรงเรียนไปด้วย โดยอาศัยศาลาวัดเป็นโรงเรียน ให้คณะสงฆ์ได้จัดการศึกษาชั้นมูลศึกษาในหัวเมืองตามมณฑลต่างๆ โดยกระทรวงมหาดไทยเป็นผู้สนับสนุนและอำนวยความสะดวก เมื่อวางรากฐานการศึกษาในหัวเมืองเป็นรูปเป็นร่าง ขึ้นแล้วและมีความมั่งคงพอสมควรแล้ว ก็ได้มอบให้กระทรวงธรรมการดำเนินการต่อไป โดยแบ่งงานกันให้คณะสงฆ์ จัดการศึกษาในระดับประถมศึกษา ส่วนกรมศึกษาธิการจัดการศึกษาในระดับสูงกว่าชั้นประถมศึกษา
ช่วงเริ่มปฏิรูปนั้น ให้คณะสงฆ์จัดการศึกษาในหัวเมือง ซึ่งเมื่อวันที่ 10 พฤศจิกายน 2446 รัชกาลที่ 5 โปรดเกล้าฯพระราชทานสัญญาบัตรให้พระมหาพรหม เปรียญ 5 ประโยค วัดพระเชตุพน เป็น “พระชยานันทมุนี” พระราชาคณะ ที่สังฆปาโมกข์เจ้าคณะใหญ่นครเมืองน่าน โดยพระชยานันทมุนี พร้อมพระปลัดวงษ์ พระวินัยธร (จ๋อย) พระวินัยธรรม (ยศ) ได้เข้าเฝ้าทูลลาขึ้นไปอยู่นครเมืองน่าน ในวันที่ 16 ธันวาคม 2446 ถึงเมืองน่านในวันที่ 22 กุมภาพันธ์ 2447 พระเจ้าสุริยพงษ์ผริตเดชฯ พระเจ้านครน่านได้จัดเสนาสนะให้อยู่ที่วัดช้างค้ำ พระชยานันทมุนี ได้จัดตั้งโรงเรียนหนังสือไทยเพิ่มขึ้น คือ โรงเรียนมูลศึกษาที่เมืองเชียงคำในบริเวณน่านเหนือ ให้นายขัติย์เป็นครูใหญ่ โดยให้ยกครัวขึ้นมาประจำและเปิดสอนตั้งแต่วันที่ 1 กันยายน 2447 สำหรับโรงเรียนที่เมืองเชียงคำในบริเวณน่านเหนือนั้น ได้มีแจ้งความของกระทรวงธรรมการ รายงานว่า “เมื่อวันที่ 1 กันยายน 2447 ขุนอุดรการพิสิฐ ผู้รั้งการแทนข้าหลวงบริเวณน่านเหนือ พร้อมด้วยนายพันตรี หลวงยุทธการบัญชา ผู้บังคับการกองทหารบริเวณน่านเหนือ กับ หนานขัติยครูได้เปิดโรงเรียนขึ้นใหม่ที่วิหารวัดบ้านมางในบริเวณน่านเหนือ วันแรกมีนักเรียนมาเล่าเรียน 61 คน”
โรงเรียนบ้านหย่วน(เชียงคำนาคโรวาท) เดิมจึงชื่อ “โรงเรียนชยานันท์ธุรกิจ” โดยความคิดริเริ่มและจัดตั้งของพระครูชยานันทมุนี เจ้าคณะจังหวัดน่านเริ่มก่อสร้างตั้งแต่วันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2447 เริ่มแรกอาคารเรียนเป็นวิหารวัดบ้านมาง จัดสอนตามระเบียบกระทรวงธรรมการ(กระทรวงศึกษาธิการ) โดยมี นายขัติ สัมพันธสิทธิ์ ดำรงตำแหน่งครูคนแรกและครูใหญ่คนแรก
นับเป็นโรงเรียนหนังสือไทยแห่งแรกที่ตั้งขึ้นที่เมืองเชียงคำ ในบริเวณน่านเหนือ ขณะแรกตั้งถือเป็น “โรงเรียนมูลศึกษา” ที่ดำเนินการโดยคณะสงฆ์ตามประกาศจัดการเล่าเรียนในหัวเมือง ต่อมาในปี 2449 ได้ยกเลิกบริเวณน่านเหนือและตั้งเป็นแขวงเชียงคำ ต่อมาในปี 2451 ได้เปลี่ยนชื่อจากแขวงเชียงคำเป็นอำเภอเชียงคำ เนื่องจากเป็นโรงเรียนแห่งแรกที่ตั้งขึ้นตามนโยบายรัฐบาลกลางและตั้งอยู่ใน ตัวเมือง จึงได้ชื่อว่า “โรงเรียนประจำอำเภอ เชียงคำ” (สำหรับโรงเรียนมูลศึกษาแห่งที่ 2 ในอำเภอเชียงคำคือ โรงเรียนบ้านพระนั่งดินซึ่งตั้งขึ้นในปี 2450)
ในรัชกาลที่ 6 ได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติประถมศึกษา พ.ศ. 2464 รัฐบาลบังคับให้เด็กทุกคน ที่มีอายุตั้งแต่ 7 ปีบริบูรณ์ ต้องเรียนอยู่ในโรงเรียนประถมศึกษาจนอายุได้ 14 ปีบริบูรณ์ตามพระราชบัญญัติดังกล่าว แบ่งโรงเรียนประถมศึกษาออกเป็น 3 ประเภท คือ 1) โรงเรียนรัฐบาล 2) โรงเรียนประชาบาล 3) โรงเรียนราษฎร์ โรงเรียนประจำอำเภอเชียงคำเป็นโรงเรียนที่ได้รับอุดหนุนงบประมาณจากรัฐบาล โรงเรียนนี้จึงมีสถานะเป็น “โรงเรียนรัฐบาลประจำอำเภอเชียงคำ”
เดือนกันยายนปี 2465 จอมพลสมเด็จพระเจ้าน้องยาเธอ เจ้าฟ้ากรมหลวงนครสวรรค์วรพินิต เสนาธิการทหารบก พระราชโอรสในรัชกาลที่ 5 ได้เสด็จมาตรวจราชการทหารในมณฑลฝ่ายเหนือ ได้พระราชทานนามโรงเรียนประจำอำเภอ และตำบลในจังหวัดเชียงรายโรงเรียนรัฐบาลประจำอำเภอเชียงคำ ได้รับพระราชทานนามว่า “เชียงคำนาคโรวาท” อันมีความหมายว่า สถานที่ให้การศึกษาอบรมแก่ชาวเมืองเชียงคำ ตั้งแต่นั้นมาจึงเรียกว่า “โรงเรียนเชียงคำนาคโรวาท” (อ้างอิง จากพิพิธภัณฑ์ เมืองเชียงคำ สืบค้นโดยอาจารย์พิทยา วงศ์ใหญ่)
ปี พ.ศ. 2472 ขุนนาควรรณไวโรจน์ นายอำเภอเชียงคำ เห็นว่าวัสดุก่อสร้างต่างๆ ของโรงเรียน ได้ครบแล้ว จึงขอความร่วมมือจากข้าราชการ พ่อค้า คหบดี และประชาชนบริจาคทรัพย์ได้เงินทั้งสิ้น 3,400 บาท (สามพันสี่ร้อยบาทถ้วน) พอถึงเดือนมกราคม พ.ศ. 2472 ก็ได้รับคำสั่งจากจังหวัดเชียงรายให้นายอำเภอไปทำสัญญาจ้างเหมาการปลูกสร้างอาคารเรียนเป็นเงิน 3,400 บาท โดยปลูกสร้างเป็นอาคารเรียนถาวรขนาดใหญ่ชั้นเดียวแบบ ค.พิเศษ จำนวน 5 ห้องเรียน ได้สร้างเสร็จเมื่อวันที่ 25 สิงหาคม พ.ศ. 2475 ดำรงอยู่ได้ด้วยเงินประถมศึกษา และได้จัดทำการสอนตั้งแต่ชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 ถึงชั้นประถมศึกษาปีที่ 4 ตามระเบียบกระทรวงธรรมการ ปัจจุบัน คือ อาคารเรียนหลังที่ 1 อยู่ด้านทิศตะวันออก(เป็นอาคารเรียนหลังคาทรงปั้นหยา หันหน้าไปทางทิศเหนือ) ปี พ.ศ. 2495 โรงเรียนได้เปลี่ยนชื่อจากโรงเรียนเชียงคำนาคโรวาท เป็นโรงเรียนบ้านหย่วน(เชียงคำนาคโรวาท) และใช้ชื่อนี้ตั้งแต่นั้นเป็นต้นมา
ปัจจุบันโรงเรียนบ้านหย่วน(เชียงคำนาคโรวาท) มีพื้นที่ 5 ไร่ 1 งาน 25 ตารางวา มีหมู่บ้านในเขตบริการ 8 หมู่บ้าน ตั้งอยู่หมู่ที่ 8 บ้านตลาด ตำบลหย่วน อำเภอเชียงคำ จังหวัดพะเยา สังกัดสำนักงานเขตพื้นที่การศึกษาประถมศึกษาพะเยา เขต 2 สำนักงานคณะกรรมการการศึกษาขั้นพื้นฐาน กระทรวงศึกษาธิการ จัดการศึกษาระดับชั้นอนุบาล 2 - 3 และชั้นประถมศึกษาปีที่ 1 - 6